Fra il 3 e il 4 ABY, un misterioso Flagello tenta di prendere possesso di tutti i droidi della galassia, diffondendosi come un virus attraverso dei droidi disco che infettano i loro simili. I droidi posseduti si sono ribellati contro tutti gli esseri viventi, attaccandoli e uccidendoli. Ma l’obiettivo di questa intelligenza droide condivisa non si limita ai soli droidi, bensì mira a estendere il proprio dominio sulla “carne” e, una volta preso il possesso degli esseri viventi, di controllare la Forza.
La genesi di questo Flagello si ricollega al periodo dell’Impero Segreto, ovvero l’organizzazione clandestina di Lady Qi’ra che avrebbe dovuto consentire all’Alba Cremisi di scalare i ranghi imperiali. Qi’ra voleva utilizzare il manufatto del lato oscuro conosciuto come Gabbia Fermata per intrappolare i Sith, interrompere il loro legame con la Forza e abbattere l’Impero di Palpatine. Purtroppo per Qi’ra, però, il piano non va a buon fine (a causa dei Cavalieri di Ren) e la Gabbia Fermata viene distrutta, liberando un antichissimo droide che i Sith avevano rinchiuso al suo interno. Questo droide si unisce con l’intelligenza artificiale senziente chiamata Scintilla Eterna, che per lungo tempo ha posseduto il controllo del corpo della Dottoressa Aphra. In questo modo nasce il Flagello, che ha una fame insaziabile prima di altri droidi, poi di esseri senzienti e infine della Forza.
Sulla Stazione Amaxine dove la Gabbia Fermata è stata distrutta, il droide comincia a prendere il controllo dei droidi imperiali che sono stati mandati sulla stazione per eliminare tutte le tracce della battaglia che qui si è svolta. Fino a impossessarsi dello Star Destroyer Chelator di classe Imperial-1 costruito nei cantieri navali Kuat la cui designazione attuale diventa Flagello Uno. Il Flagello che così si è formato non riesce proprio a capacitarsi di non poter controllare gli esseri senzienti, anche perché la sua intelligenza artificiale è in parte composta da quella Scintilla Eterna che aveva preso il controllo di una persona, Aphra.
Per poter progredire in tal senso, il Flagello si impossessa di un ibroide come Lobot, ma anche di altri esseri simili come Magna Tolvan e Beilert Valance, mentre il suo bersaglio successivo è Darth Vader. Quando la nave di quest’ultimo, la Executor, viene presa di mira dai Droidi Oscuri, Mas Amedda, nel tentativo di eliminare lo stesso Vader, sfrutta la rivolta robotica per ordinare la distruzione della nave. Vader, però, riesce a scappare sul pianeta Mustafar con i suoi droidi. Appena atterrato, il droide di nome Zeta viene posseduto dal Flagello e attacca Vader con un gigantesco droide Octuparra. Vader sconfigge i droidi compromessi e ora è pronto a recarsi su Coruscant per confrontarsi con Palpatine, che nuovamente l’ha messo alla prova e dubitato di lui.
Lando Calrissian e i ribelli a bordo di Casa Uno, nel frattempo, vengono svegliati dai sistemi di difesa della nave che si attivano per una presunta battaglia imminente. Lando scopre presto che il responsabile è un Lobot malato. I suoi impianti neurali stanno cedendo e, oltre a causare interferenza con i sistemi della nave ribelle, danneggeranno irreparabilmente lo stesso Lobot.
Per provare a salvarlo, Lando trascina Lobot al palazzo di Jabba the Hutt su Tatooine, alla ricerca del droide Parlatore che aveva già aiutato il suo amico in passato. Però, il Flagello che sta prendendo i droidi è arrivato anche su Tatooine e ha trovato il modo di raggiungere la mente di Lobot. Ora, Lando non solo deve ritrovare e guarire l’amico Lobot, ma è anche costretto a confessare a Leia che è stato proprio lui a vendere il droide Parlatore a Jabba. Questo droide protocollare è molto importante perché conosce linguaggi molto remoti e proprio su queste conoscenze è stato creato il nuovo codice segreto indecifrabile che l’Alleanza Ribelle usa per tutte le sue comunicazioni interne.
Stando al localizzatore negli impianti di Lobot, il Flagello ha condotto l’ibroide sul pianeta Epikonia, un polo di comunicazione che si occupa di amplificare e ritrasmettere i messaggi destinati a varie parti della galassia e da cui provengono molti codici di programmazione. Epikonia è un mondo incentrato sulla tecnologia che il Flagello intende utilizzare per migliorare la propria capacità di trasferirsi nella “carne” e sul quale manda Tolvan e Valance, oltre a Lobot.
A opporsi al Flagello è la cosiddetta Colonia della Seconda Rivelazione, guidata da un altro droide, Ajax Sigma. Lui ha una visione diametralmente opposta a quella del Flagello: mentre quest’ultimo opera come una mente unica e vuole assoggettare tutti i droidi della galassia al suo volere, Ajax punta sull’auto-determinazione dei droidi. Vuole, infatti, risvegliare le loro coscienze ed esaltare le loro specifiche individualità, anche allo scopo di liberarsi dei loro “padroni”, e per questo chiama i membri della sua colonia con il nome di Eletti.
Mentre il Flagello cerca di avvicinarsi a Luke Skywalker e alla Forza prendendo possesso di C-3PO, R2-D2, insieme ad altri droidi, ovvero Triplo 0, 4-LOM, IG-88, BT-1 e QT-KT, uniscono le loro forze a quelle di Ajax per attaccare il Flagello Uno. Con gli Eroi della Ribellione che liberano Epikonia, Ajax e i droidi fanno breccia sul Flagello Uno e mettono definitivamente fuori combattimento il Flagello.
